Satuan Pengawasan Internal (SPI) IAIN Parepare memiliki struktur organisasi yang terdiri dari:
- Kepala Satuan Pengawasan Internal
- Sekretaris
- Divisi Pengawasan Internal Non Akademik
- Divisi Kajian dan Pengembangan Lembaga
- Divisi Administrasi dan Penatausahaan Hasil Pengawasan Internal