Satuan Pengawasan Internal (SPI) IAIN Parepare memiliki struktur organisasi yang terdiri dari:

  1. Kepala Satuan Pengawasan Internal
  2. Sekretaris
  3. Divisi Pengawasan Internal Non Akademik
  4. Divisi Kajian dan Pengembangan Lembaga
  5. Divisi Administrasi dan Penatausahaan Hasil Pengawasan Internal